Macの内蔵HDDが突然死したときの保険であると考えれば、バックアップなんてたまに失敗したところで気楽にやるべきかもしれません。そういう割り切りなり気分の持ち方をしておかないと、（本来不要な）ストレスため込むことにもなりますよ。

技術的なところでは、10.4からのアップグレードインストールでは、ソフトによっては不具合が出ているところもあるようです。特にカーネルパニックに繋がるような不具合はそのへんに原因がある場合も。
一旦バックアップをとり（だたの保険）、10.5のdiskからアーカイブしてインストールを行うなどしてみてはいかがでしょうか。

該当しないかもしれませんが

日立HDDとインテルチップセットの相性問題、ようやく解決か
http://internet.watch.impress.co.jp/static/yajiuma/2008/04/30/

以前AirMacに繋いでいたLogitechのLHD-EC250U2が突然認識しなくなり、その後も本体に直接USB接続で使用していたら頻繁にマウントしなくなった経験があります。検索したところあまり評判の良くないHDDケースでした。データがダメになっては話にならないので、今は他の安いケースに入換えて不具合なく使用しています。
こういう事は他メーカーでもよくある事なので、たまたまハズレを引いたんだと諦めています。Logitechは好きですしデザインもMac寄りに感じるので、今でも有力候補です。
そんなわけで一度型番で調べてみるのも良いかもしれません。

＞esさま
ふつーにバックアップだったらそれでいいんですけどねぇ、いつでも戻れることがテーマなTime Machineという機能を使うためのHDDなんで、どーしても動いてもらわないといけないなと。iPhotoのデータも格納させてたことがあるんですが、それも飛んじゃったし……。
ちなみにシステムそのものはここのところ数回入れ替えてます。

＞通りすがりさま
日立のドライブなのか確認してみたほうがいいかも？

＞macバカ一代さま
凄いハンドルですね。(^-^;
ああ、うちのはこの後継のED300-U2ですね。（300GBでした）　たぶん同じ症状です。やっぱりこれなのかなぁ。外れと。(_ _;
ケースだけ買ってきて入れ替えることにします。その方がesさんもおっしゃるように精神的にもダメージが少なそうです。

こんばんは。よく飛ぶ同病の人来ました。まさにSuperfly（笑）。

ロジのHD、USBでのマウント時におかしげな挙動をする（うちだけ？）。
不安定というか。何でもない時にマウントエラーになったり。
その挙動をタイムマシンが想定できてなくてドボン…とか？

うちの場合、内蔵HDと外付けロジHDを、別の外付けHDへタイムマシンなので、
使い方が違うけど…。ロジはロジやし、ロジ怪しい！（爆）

今はひとまずロジやめて（笑）、違うかたちで安定？運用中っす。
安心のためのタイムマシンがいちばん不安という恐ろしい罠（爆）。

あ、兄もなんですか、路地。やっぱコレか！
確かに昔からそーいう挙動をしてたかも。うーん、やっぱりこれはハコ入れ替えてやるのが正解っぽいですね。FireWireのHDDケース、買おう。
これで安定すれば、「安心のTime Machine」になるかなぁ。(^-^;

路地のHDD(ED320FU2)をFW専用で使っていますが、全く問題なく安定しています。
USBとFWで違いあんですかねぇ。

FireWireだとokなのかなぁ。
10.5.3だとokかなぁ……。とりあえず仕事データがあるので怖くてまだ上げてませんが。